灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来处理。比如外用抗真菌药物是常见的方法之一。
外用药物治疗
局部涂抹药膏： 像阿莫罗芬搽剂就常被用于灰指甲的治疗。它能渗透进甲板，抑制真菌生长。一般一周使用1 - 2次，需要坚持使用几个月，才能看到较好的效果。浸泡类药物： 可以使用30%冰醋酸溶液进行浸泡，不过浸泡时要注意只浸泡病甲部位，每次浸泡15 - 30分钟，每周使用3 - 4次，但要注意皮肤有破损的地方不能用。
口服药物治疗
抗真菌口服药： 常用的有伊曲康唑胶囊，它采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。还有特比萘芬片，每天服用一次，连续服用3个月左右，但服用这类药物前需要检查肝功能，因为它们可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。
手术治疗
拔甲术： 过去有拔甲的方法，不过现在应用相对少了。如果病甲比较严重，其他方法效果不佳时可能会考虑。但拔甲后需要配合外用药物巩固治疗，而且拔甲过程会有一定痛苦，术后恢复也需要一定时间，大约需要2 - 3个月才能重新长出新的指甲，并且拔甲后要注意防止感染。
日常护理要点
保持足部干燥清洁： 灰指甲大多和真菌感染有关，所以要经常洗脚，洗完脚后要擦干，尤其是脚趾缝之间。穿透气性好的鞋子和袜子，每天更换袜子，鞋子也尽量选择通风的款式，这样能减少真菌滋生的环境。避免交叉感染： 不要和他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等物品，防止将真菌传染给别人，自己的物品也要单独使用，并且定期对拖鞋、脚盆等进行消毒，可以用开水烫或者用消毒水浸泡。