肾囊肿的发病原因目前尚不十分明确，一般认为可能与多种因素有关。其中，遗传因素是一个比较重要的方面，约有20% - 30%的肾囊肿具有家族遗传倾向，比如常染色体显性多囊肾病，这是一种常见的遗传性肾病，会导致肾脏出现多个囊肿。
遗传因素相关
常染色体显性多囊肾病：这是最常见的遗传性肾囊肿相关疾病，由基因缺陷引起，父母一方患病，子女有50%的概率遗传该病，从而逐渐出现肾囊肿。常染色体隐性多囊肾病：相对少见，多在婴儿期或儿童期发病，也是由基因异常导致，会影响肾脏等多个器官的发育。
肾小管憩室发展
肾小管憩室演变：在肾脏发育过程中，肾小管可能会形成一些憩室，随着年龄增长，这些憩室有可能逐渐扩大形成囊肿。一般来说，30 - 40岁之前肾囊肿发生率较低，40岁之后发生率逐渐上升，可能就与肾小管憩室逐渐发展有关。年龄因素影响：随着年龄增加，肾脏结构和功能会发生一定变化，肾小管憩室出现并发展成囊肿的几率也会增加，50岁以上人群肾囊肿的检出率相对更高。
其他因素推测
环境因素关联：虽然目前还没有确凿证据表明特定环境因素直接导致肾囊肿，但长期接触某些有害物质，如某些化学毒物等，可能会对肾脏组织产生一定影响，增加肾囊肿发生的潜在风险。不过这方面还需要更多研究来明确具体关联机制。代谢因素作用：一些代谢异常可能也与肾囊肿发病有关，比如体内某些代谢产物的堆积可能会影响肾脏细胞的正常代谢和结构，进而促使囊肿形成，但具体的代谢异常类型和作用途径还在进一步探索中。