儿童灌肠的危害主要包括以下方面：
一、肠道出血。因为儿童灌肠是通过肛门给予药物，如通便药、镇静药、退烧药等，这一过程容易损伤肠道黏膜，从而引发肠道出血。所以在操作时应尽可能动作轻柔，以最大程度避免对肠道黏膜造成损害。
二、摔伤。儿童灌肠属于有创操作，儿童的配合度往往较差，容易出现如摔伤等意外情况，故而需要注意对儿童进行安抚。
三、脏器功能损伤。儿童灌肠的刺激性相对较大，药物吸收也较为迅速，若操作不当可能会加重药物不良反应，甚至可能导致脏器功能损伤，特别是肝肾功能的损伤。
总之，儿童灌肠应尽量在专业人员指导下进行，且灌肠后要密切观察是否有不适症状出现，以防止出现肠黏膜损伤等情况。