急性肾盂肾炎是肾盂和肾实质的急性细菌性炎症，基本病变主要体现在肾脏组织的病理改变等方面。一般来说，其基本病变涉及肾脏的多个结构和病理过程。
肾脏大体形态改变
肾脏体积变化： 急性肾盂肾炎时，肾脏会出现不同程度的体积增大。这是因为炎症导致肾脏组织充血、水肿，使得肾脏整体体积有所增加。肾脏表面及切面表现： 肾脏表面可见散在的黄色脓肿，这些脓肿大小不一。切面则可见髓质内有黄色条纹，并向皮质延伸，皮质和髓质界限可能不太清晰，可见小脓肿形成。
组织学病理改变
肾小管病变： 肾小管腔内可见脓性渗出物，肾小管上皮细胞有不同程度的变性、坏死等改变。肾小管周围间质有中性粒细胞浸润，严重时可形成微小脓肿。肾小球病变： 一般来说，肾小球本身通常无明显结构性破坏，但由于肾脏整体的炎症影响，肾小球周围的间质会有炎症细胞浸润，不过肾小球毛细血管腔通常保持通畅，肾小球滤过功能会因肾脏整体炎症而受到一定影响，但病变相对肾小管来说较轻。间质病变： 肾间质内有大量中性粒细胞浸润，严重时可形成脓肿，炎症细胞可弥漫浸润肾间质，导致间质水肿等改变，影响肾脏的正常结构和功能。
炎症扩散相关病变
肾盂黏膜改变： 肾盂黏膜充血、水肿，表面有脓性分泌物覆盖，黏膜上皮细胞可能出现坏死、脱落等情况。炎症向周围组织蔓延： 炎症可从肾盂向肾实质扩散，严重时可形成肾周脓肿等情况，炎症蔓延过程中会进一步加重肾脏组织的损伤和破坏，影响肾脏的正常生理功能，如影响尿液的生成、浓缩等过程，导致患者出现尿频、尿急、尿痛以及发热、腰痛等一系列急性肾盂肾炎的临床表现。