一般来说，眼睛进小飞虫后，可能引发眼睛异物感、结膜炎、角膜炎等状况，可通过一般治疗、药物治疗来缓解。具体如下：
一、眼睛出现异物感：当小飞虫进入眼睑内导致异物感时，可以轻轻闭眼一段时间，或者用手轻轻提起上眼皮，通常附着在表面的异物往往能随眼泪自行排出。
二、结膜炎：进入眼睑内的小飞虫因其在眼内活动，可能对结膜造成刺激，进而出现红肿症状。此时可以用清水冲洗眼睛，以将小飞虫冲出。同时要遵医嘱使用药物治疗，常见药物包括妥布霉素滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦眼膏等。
三、角膜炎：若小飞虫进入眼睛后附着在角膜上，可能引起角膜炎症。这时建议前往医院由专业医生取出。并且要遵医嘱配合药物进行治疗，常见药物有左氧氟沙星眼药水、氧氟沙星眼药水、那他霉素滴眼液等。
总之，若眼睛进了小飞虫且出现不适症状，建议患者尽快就医，以便进行针对性治疗。