心脏神经官能症目前并没有特定的“特效药”，治疗主要是针对症状进行对症处理。一般来说，可使用调节植物神经功能的药物，如谷维素，它能调整自主神经功能，改善精神神经失调症状，通常一次10-30毫克，一日3次。
常用调节神经类药物
谷维素： 能调节植物神经功能，改善精神神经失调症状，对心脏神经官能症引起的一些不适有一定缓解作用，一般一次服用10 - 30毫克，一日服用3次。维生素B1： 参与体内辅酶的形成，能维持神经、肌肉及消化系统的正常功能，也可辅助改善心脏神经官能症相关症状，通常成人一次10毫克，一日3次。
改善焦虑抑郁类药物
黛力新： 适用于轻、中度焦虑 - 抑郁状态的心脏神经官能症患者，它是由氟哌噻吨和美利曲辛组成的复方制剂，一般早上及中午各服用1片。但需要注意，严重肾功能不全者禁用。百忧解（氟西汀）： 属于选择性5 - 羟色胺再摄取抑制剂，可用于治疗伴有抑郁、焦虑情绪的心脏神经官能症，成人起始剂量一日20毫克，可根据病情调整剂量，但需在医生指导下使用，有癫痫病史者要慎用。
针对躯体症状的药物
β受体阻滞剂： 如普萘洛尔，对于心脏神经官能症患者出现心悸等症状有一定作用，它能阻断β受体，减慢心率，降低心肌收缩力等。不过，支气管哮喘患者禁用，窦性心动过缓、重度房室传导阻滞患者也禁用。硝酸酯类药物： 当患者有胸痛症状时，可短时间使用硝酸异山梨酯等，但这类药物长期使用可能会产生耐药性，而且青光眼患者禁用。
非药物干预的重要性
心脏神经官能症患者不能单纯依赖药物治疗，非药物干预也很关键。比如心理疏导，患者可通过与心理医生沟通，缓解焦虑、紧张等情绪，一般建议每周进行1 - 2次心理疏导，每次30 - 60分钟。另外，适度运动也有帮助，像慢跑，每周可进行3 - 5次，每次20 - 30分钟，能改善身体状况和心理状态，但要注意运动强度适中，避免过度劳累。