灰指甲一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗，其中外用药物治疗相对比较温和，一般需要坚持使用3~6个月左右。
外用药物治疗
阿莫罗芬擦剂： 它是一种局部抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1~2次即可，使用方便，但需要持续使用较长时间才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 同样属于外用抗真菌药，能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。每天涂抹1~2次于患处，要注意涂抹范围稍超出病甲周围皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药物，采用冲击疗法，即服用1周停药3周为一个疗程，一般需要2~3个疗程。它能抑制真菌细胞色素P450酶，干扰真菌麦角固醇的合成。不过，服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬： 可以抑制真菌角鲨烯环氧化酶，从而阻断真菌细胞膜合成。一般每天服用一次，连续服用的时间根据病情而定，手指甲癣一般需要连续服用6~8周，脚趾甲癣则需要连续服用12周左右。但同样，服用前也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术： 对于单个比较严重的灰指甲可以考虑拔甲。但拔甲后新长出来的指甲需要一段时间，而且拔甲过程中可能会有疼痛，并且拔甲后要注意预防感染，一般需要2~3个月新甲才能完全长出。不过现在这种方法相对应用较少，因为口服药物和外用药物治疗效果也不错且创伤相对小。激光治疗： 利用激光的光热效应破坏真菌。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，治疗后指甲恢复需要一定时间，而且不同患者对激光治疗的反应可能不同，有的患者可能需要3~5次治疗才能看到较好效果。但激光治疗费用相对较高。