怀孕两周不能做药物流产。原因如下：
一、怀孕两周时难以明确胚胎着床位置，不能确定是正常宫内妊娠还是异位妊娠。通常女性要在怀孕35天后到医院进行B超检查，以确保是宫内妊娠。若B超检查一直未发现孕囊，则可能是异位妊娠导致，这种情况下严禁进行人流手术。
1.怀孕两周时孕囊较小，不易观察药流是否成功。
2.还容易出现药流不全的情况。
二、药物流产适合怀孕35至49天且自愿要求结束妊娠的健康妇女。所以建议女性耐心等待，做完药流后要注意私处清洁。如果药流之后复查仍未有胎囊排出，需考虑药流不全，要及时就诊进行清宫手术。
总之，怀孕两周不适合做药物流产，需要综合考虑多种因素，女性应遵医嘱选择合适的流产方式，并做好相关注意事项和后续处理。