脑干出血主要是由高血压合并小动脉硬化引起的，约占全部脑出血的10%左右。
高血压因素：
血压长期控制不佳： 当人体血压长期处于较高水平时，脑血管壁承受的压力增大。长期的高压会使脑血管的弹性减退，血管壁变得脆弱。例如，收缩压长期高于140mmHg，舒张压长期高于90mmHg的高血压患者，发生脑干出血的风险会显著增加。高血压会导致脑内细小动脉发生玻璃样变、纤维素样坏死等病变，这些病变的血管在受到血压波动影响时，就容易破裂出血，而脑干是脑部重要区域，一旦血管破裂出血就会引发严重后果。血压剧烈波动： 比如在情绪激动、剧烈运动、用力排便等情况下，血压会突然升高。原本已经存在病变的脑血管无法承受这种急剧的血压上升，就可能发生破裂出血。像一些人在暴怒后，血压瞬间飙升，很容易诱发脑干出血。
血管病变因素：
脑动脉瘤： 脑内的动脉瘤是由于局部血管壁结构异常形成的膨出。动脉瘤壁比正常血管壁薄很多，当血流冲击时，就容易破裂。虽然动脉瘤导致脑干出血相对高血压引起的比例低一些，但也是重要原因之一。如果脑动脉瘤发生在供应脑干的血管上，一旦破裂，血液就会涌入脑干，造成脑干出血。脑血管畸形： 常见的有动静脉畸形等。脑血管畸形处的血管结构异常，正常的血流动力学在这些畸形血管区域被打乱，血管容易破裂。例如，动静脉畸形中的异常血管团，其血管壁薄弱，在血压变化等因素影响下，就可能破裂出血，进而引发脑干出血。
其他因素：
血液系统疾病： 某些血液系统疾病会影响凝血功能，增加出血风险。比如血小板减少性紫癜，患者体内血小板数量减少，凝血功能受到影响。还有血友病，由于体内缺乏某些凝血因子，凝血功能障碍。当这些血液系统疾病患者发生脑出血时，就有可能波及脑干，导致脑干出血。另外，长期服用抗凝剂或抗血小板聚集药物的人，如冠心病患者长期服用阿司匹林等，也会影响凝血功能，增加脑干出血的可能性。不良生活习惯： 长期大量吸烟会损伤血管内皮细胞，使血管弹性下降，促进动脉粥样硬化的形成。大量饮酒会使血压升高，加重心脏和血管的负担。这些不良生活习惯都会间接增加脑干出血的发生几率。例如，每天吸烟超过20支，连续吸烟超过5年的人，脑干出血风险比不吸烟的人明显升高；长期大量饮酒，每天酒精摄入量超过50克（相当于50度白酒100毫升），脑干出血的可能性会大大增加。