会厌囊肿的处理方式需根据具体情况而定。一般来说，较小的无症状会厌囊肿可以先观察，而较大或有症状的会厌囊肿多需要手术治疗。
观察等待情况
无症状小囊肿： 如果会厌囊肿较小，患者没有任何不适症状，比如没有吞咽异物感、呼吸困难等情况，通常可以选择观察等待。医生会建议定期复查喉镜，观察囊肿的变化情况，一般每3 - 6个月复查一次喉镜，了解囊肿有无增大等变化。
手术治疗情况
手术适应证： 当会厌囊肿较大，引起明显症状时，如患者有吞咽梗阻感、咽部异物感，或者囊肿影响呼吸出现呼吸困难等情况，就需要考虑手术治疗。手术方式主要有支撑喉镜下会厌囊肿切除术等。这种手术一般是在全身麻醉下进行，通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用激光、电刀等将囊肿切除。术后需要住院观察一段时间，一般住院3 - 7天左右，观察伤口恢复情况等。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要注意饮食，一般先吃流食，如牛奶、米汤等，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬、过烫的食物，防止刺激手术伤口，影响恢复。通常术后1 - 2周可以逐渐过渡到半流食，如软面条、鸡蛋羹等，之后再慢慢恢复正常饮食。口腔卫生： 要保持口腔清洁，经常漱口，可使用复方氯己定含漱液等，每天漱口3 - 4次，防止口腔感染，因为口腔感染可能会影响手术伤口的愈合。