13价肺炎疫苗常见的不良反应主要有局部反应、全身反应以及罕见严重反应等情况。一般来说，大多数不良反应比较轻微，通常在接种后1 - 2天内出现。
局部反应情况
注射部位红肿：接种13价肺炎疫苗后，部分受种者会出现注射部位红肿的情况，一般红肿范围较小，直径多在2 - 5厘米左右，多数会在2 - 3天内自行消退。注射部位疼痛：接种处可能会有疼痛感觉，一般为轻度或中度疼痛，多数孩子可以耐受，不需要特殊处理。
全身反应情况
发热：接种后可能出现发热症状，一般为低热，体温多在37.5 - 38.5℃之间，这种低热通常会持续1 - 2天。不过也有少数受种者可能出现中度发热，体温在38.5 - 39℃之间，但一般也能在较短时间内恢复正常。哭闹不安：部分婴幼儿接种后可能会出现哭闹不安的情况，这可能是因为身体的不适感觉引起的，一般在疫苗反应消退后会逐渐缓解。
罕见严重反应情况
过敏反应：虽然非常罕见，但也有可能出现过敏反应，比如出现皮疹、荨麻疹、呼吸困难等症状。一旦出现严重过敏反应，需要立即就医进行救治。局部严重感染：极个别情况下可能出现注射部位的严重感染，但这种情况发生概率极低。不过如果发现注射部位红肿范围迅速扩大、出现化脓等严重感染迹象，应及时就医处理。