脸上扁平疣的根治方法包括物理方式、药物治疗以及疣体埋植术治疗。
一、物理治疗：
1.激光：利用激光的能量精准作用于扁平疣皮损处，可有效清除皮损，实现根治目的。
2.冷冻：通过冷冻技术使扁平疣组织受到破坏，进而促使其脱落，达到治疗效果。
二、药物治疗：
1.外用抗病毒药物：如干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏等，当扁平疣数目较多时，配合使用这类药物可以起到抗病毒作用。
2.提高免疫力药物：有助于增强机体对扁平疣病毒的抵抗力。
三、疣体埋植术：对于较为严重的情况，选择自身疣体埋植术，对顽固性扁平疣往往能取得根治的效果。
总之，根据扁平疣的具体情况，可以选择合适的方法来进行根治，有时可能需要综合多种方法来达到最佳疗效。