三个月大的婴儿偶尔咳嗽几声，可能是以下原因引起的：
1.生理原因：
空气干燥：室内空气干燥，婴儿的呼吸道可能会受到刺激，引起咳嗽。
吞咽口水：三个月大的婴儿唾液分泌增多，但吞咽功能尚未完全发育，可能会导致口水呛入气管，引起咳嗽。
呛奶：婴儿吃奶时可能会呛奶，导致咳嗽。
2.病理原因：
呼吸道感染：如感冒、肺炎等，可能会引起咳嗽、流涕、发热等症状。
过敏：婴儿对某些物质过敏，如尘螨、花粉等，也可能会引起咳嗽。
其他：百日咳、肺结核等疾病也可能导致婴儿咳嗽。
如果婴儿咳嗽不严重，没有其他不适症状，可以先观察一段时间。如果咳嗽加重、出现发热、呼吸急促等症状，应及时就医，进行相关检查，如血常规、胸片等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
在日常生活中，应注意保持室内空气湿润，给婴儿多喝水，避免接触过敏原。喂奶时要注意姿势，避免婴儿呛奶。同时，要注意观察婴儿的情况，如有异常应及时就医。