小便时生殖器部位刺痛的原因包括尿道炎、尿路感染、前列腺炎等。
小便时生殖器刺痛的病因具体如下：
一、尿道炎：这是尿道炎的典型症状，主要因细菌感染导致，会出现尿频、尿急、尿痛等表现。
1.细菌可通过尿道口逆行进入尿道，引发炎症反应。
2.尿道炎患者除了尿痛，还可能伴有尿道口红肿、分泌物增多等症状。
二、尿路感染：可能是尿路感染引起的。
1.当发生尿路感染时，尿路黏膜受到刺激和损伤。
2.从而出现尿频、尿急、尿痛等一系列症状。
三、前列腺炎：如果仅在清晨或排尿后有少量分泌物，且小便时有刺痛，甚至挤压尿道时才见到少量灰白色粘液或脓性分泌物，就有可能是前列腺炎。
1.前列腺炎的发生与多种因素有关，如久坐、憋尿等不良生活习惯。
2.炎症刺激可导致尿痛等不适。
小便时生殖器刺痛的治疗方法如下：
一、应及时应用抗生素进行治疗。
1.要依据病原菌以及对药物的敏感性合理选择抗生素。
2.足疗程使用以确保治疗效果。
二、可适当服用一些解痉药物，同时去除引起尿道炎的各种病因。
1.解痉药物有助于缓解尿痛等不适症状。
2.去除病因能从根本上解决问题，达到最佳治疗效果。
三、要多喝水。
1.多喝水可以增加尿量，通过多次排尿对尿道起到冲洗作用。
2.有利于让细菌和病毒尽快排出体外，从而改善不良症状。
小便时生殖器刺痛的注意事项：
一、注意自身以及性伴侣的卫生。
1.勤换洗内衣，保持局部清洁。
2.可减少细菌感染的机会。
二、饮食注意清淡，不要经常熬夜。
1.清淡饮食有助于维持身体良好状态。
2.避免经常熬夜以免降低免疫力。
总之，当出现小便时生殖器刺痛时，应明确病因，采取针对性的治疗措施，并注意相关事项，以促进康复。