怀孕初期不能进行亲子鉴定，原因主要有两点。其一，此时胎儿细胞数目有限，难以提取足够DNA用于鉴定且易伤害胎儿；其二，存在母婴免疫屏障，胎盘与母体间的这层屏障加大检测难度。所以一般建议孕后三个月以后再做亲子鉴定。若确实需要鉴定，建议采用非侵入性方法，如采集妊娠妇女口腔黏膜上皮细胞或孕妇外周血后与父亲DNA样本比对。这种方法虽检测效率与准确性可能不如羊水穿刺或脐血采集等侵入性方法，但相对更安全无创，不会对胎儿产生风险。实际操作中，要选择正规机构进行亲子鉴定，避免受诈骗或伪造造假等困扰，同时要及时了解鉴定流程及注意事项，如检测过程中避免受外界污染（如尘埃或他人DNA等）以免影响结果准确性。
总结概况提示：说明了怀孕初期不能做亲子鉴定的原因，介绍了可在孕后三个月以后进行以及建议采用的非侵入性方法，强调了选择正规机构和注意相关事项的重要性。