复方黄连素和盐酸小檗碱存在以下区别：
一、药物类型不同
1.复方黄连素属于中成药物。
2.盐酸小檗碱属于西药。
二、药物成分不同
1.复方黄连素主要是由盐酸小檗碱、白芍、木香等成分组成。
2.盐酸小檗碱的主要成分就是盐酸小檗碱。
三、功效不同
1.复方黄连素能够起到清热燥湿的作用，可起到行气止痛的效果，同时还能起到止痢止泻的作用，通常可用于治疗大肠湿热以及赤白下痢等现象。
2.盐酸小檗碱主要用于治疗胃肠炎以及细菌性痢疾等疾病，也可用于肺结核以及急性扁桃体炎和呼吸道感染等疾病。
总之，在应用这两种药物时都需要严格遵循医生的指导，根据具体病情选择合适的药物，以确保治疗效果和安全性。