孕早期出现褐色分泌物且肚子轻微疼痛，需依据具体原因对症治疗，通常考虑由受精卵着床、先兆性流产或宫外孕所导致。
一、受精卵着床：若因受精卵着床而有褐色分泌物及轻微腹痛，一般无需特殊处理，通常不会对身体产生影响，症状几天后会逐渐消失。
二、先兆性流产：需要进行相关检查以明确病因，然后给予对症药物治疗。1.若检查提示孕酮明显偏低，考虑是黄体功能不足引发的先兆性流产，可补充孕激素，如地屈孕酮片、黄体酮胶丸等。2.要是检查发现是甲状腺功能低下造成的先兆性流产，则需补充小剂量的左甲状腺素钠片。此外，还能服用维生素E、保胎无忧片等进行治疗，以上均应在医生指导下用药，不可自行随意用药。
三、宫外孕：若确诊为宫外孕，建议根据病情，遵医嘱使用氨甲蝶呤、米非司酮等进行治疗。
总之，孕早期出现褐色分泌物和肚子轻微疼痛时，要及时明确原因，并采取相应的治疗措施。