黏液便通常是由多种原因引起的，比如肠道炎症，像细菌性痢疾患者，粪便中可能会有较多黏液，一般病程可能持续数天到数周不等。
肠道炎症导致
肠炎感染因素： 细菌感染是常见原因，比如大肠杆菌感染肠道后，会引发肠道炎症反应，使得肠道黏膜分泌增多黏液。病毒感染如轮状病毒感染，也会引起肠道黏膜受损，出现黏液便，可能持续1 - 2周左右。非感染性肠炎： 克罗恩病属于非感染性肠道炎症，会导致肠道黏膜出现溃疡、渗出等情况，进而产生黏液便，病情容易反复发作。溃疡性结肠炎也是如此，肠道黏膜持续处于炎症状态，黏液便可能长期存在。
肠道寄生虫感染
蛔虫感染： 蛔虫在肠道内寄生，会刺激肠道黏膜，导致黏液分泌增加，出现黏液便情况，不过这种情况相对现在比较少见，但在卫生条件较差地区仍可能发生。绦虫感染： 绦虫寄生肠道后，也会影响肠道正常功能，使肠道黏膜分泌黏液增多，出现黏液便症状。
肠道肿瘤
结肠肿瘤： 结肠部位的肿瘤，如结肠癌，肿瘤组织生长过程中会破坏肠道黏膜，引起黏液分泌异常，出现黏液便，而且可能伴有便血、腹痛等症状，发病年龄多在40岁以上人群中相对多见。直肠肿瘤： 直肠肿瘤同样会导致肠道黏膜受损，产生黏液便，还可能出现排便习惯改变，比如便意频繁等情况。
其他原因
饮食因素： 长期食用辛辣、刺激性食物，像大量吃辣椒后，可能会刺激肠道黏膜，导致黏液分泌增多，出现短暂的黏液便情况。药物副作用： 某些药物服用后可能会引起肠道黏膜反应，产生黏液便，比如一些抗生素，长期或不当使用后可能出现这种情况。