脑膜炎可能会留下多种后遗症，比如认知功能障碍，有研究显示约10% - 15%的脑膜炎患者会出现不同程度的记忆力减退、注意力不集中等情况。
神经系统方面的后遗症
智力障碍： 严重的脑膜炎如果没有得到及时有效的治疗，可能会影响大脑的发育和功能，导致部分患者出现智力水平下降，表现为学习能力差、理解能力受限等。比如一些婴幼儿时期患过脑膜炎的儿童，可能在认知发展上明显落后于同龄人。癫痫发作： 脑膜炎会损伤大脑神经元，使得神经元异常放电，从而引发癫痫。据统计，约5% - 20%的脑膜炎患者会出现癫痫症状，发作形式多样，有的是全身性抽搐，有的是局部肢体抽搐等。
运动功能方面的后遗症
肢体瘫痪： 当脑膜炎影响到脑部控制运动的区域时，可能会导致肢体瘫痪。如果是单侧脑部受损，可能出现单侧肢体活动不利、无力甚至完全不能活动；要是双侧脑部都受到较严重影响，可能会出现四肢瘫痪的情况。运动障碍： 除了瘫痪，还可能有运动协调障碍，比如走路不稳、容易摔倒，精细运动能力减退，像拿东西不稳、写字困难等。
听力视力等感官方面的后遗症
听力损失： 部分脑膜炎患者会出现听力下降甚至失聪的情况。这是因为耳部附近的神经等结构受到炎症影响，比如细菌性脑膜炎中，肺炎链球菌等病原体引起的感染可能波及到听觉相关的神经，导致听力受损。视力问题： 脑膜炎可能影响视神经等视觉相关的结构，引发视力下降、失明等问题。例如，有些患者会出现视野缺损、视物模糊等情况。
精神心理方面的后遗症
情绪障碍： 脑膜炎后可能出现情绪方面的问题，如抑郁、焦虑等。患者可能长时间情绪低落、对事物缺乏兴趣，或者出现过度担忧、紧张不安等情绪表现。行为异常： 部分患者会有行为上的改变，比如性格变得孤僻、易怒，或者出现一些刻板行为等。