治鼻窦炎并没有绝对的特效药，不过可以根据病情选择合适药物。一般来说，常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素等。比如急性细菌性鼻窦炎可能会用到抗生素，像阿莫西林克拉维酸钾等；鼻用糖皮质激素如布地奈德鼻喷雾剂等能减轻鼻腔炎症反应。
抗生素类药物
青霉素类抗生素： 对于部分鼻窦炎患者，青霉素类抗生素可用于抗感染。但使用前需确认患者是否对青霉素过敏，有青霉素过敏史的患者不能使用。头孢类抗生素： 头孢菌素类药物也是常用的，如头孢克洛等。不过要注意，有头孢菌素类药物严重过敏史的患者禁用，而且使用头孢类药物期间不能饮酒，以免引起双硫仑样反应。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂： 它能减轻鼻腔炎症，缓解鼻窦炎引起的鼻塞、流涕等症状。一般建议成人每天使用1 - 2次，每次每侧鼻腔1喷，但6岁以下儿童使用时需在医生指导下谨慎使用。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 同样可减轻鼻黏膜炎症。对于成人，通常每天1次，每次每侧鼻腔1喷；儿童使用时，2岁以上儿童可以使用，但要注意剂量和使用时长需遵医嘱。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 能促进鼻腔和鼻窦内黏液排出，改善纤毛清除功能。成人一般一次0.3克，一日3 - 4次；儿童用药需根据年龄和体重在医生指导下调整剂量。标准桃金娘油肠溶胶囊： 也有促进黏液排出的作用，成人常用剂量为一次300毫克，一日3 - 4次，儿童用药要在医生评估后合理使用。
减充血剂
羟甲唑啉滴鼻液： 能减轻鼻充血，缓解鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天。因为长期使用可能会引起药物性鼻炎等不良反应，而且高血压、冠心病、甲状腺功能亢进等患者要慎用。赛洛唑啉滴鼻液： 同样可缓解鼻塞，使用方法和注意事项与羟甲唑啉类似，也不能长期大量使用，以免导致鼻黏膜损伤等问题。