圆锥角膜的病因目前尚未完全明确，但有多种因素被认为与之相关。一般来说，遗传因素是一个重要方面，约50%的圆锥角膜患者存在家族遗传倾向，有研究显示某些基因的突变可能增加患圆锥角膜的风险。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如前面所说，大约一半的圆锥角膜患者有家族遗传背景，若家族中有圆锥角膜患者，其他家庭成员患病的几率相对会高于普通人群。这是因为基因的传递可能使得个体更容易出现角膜结构发育方面的异常，从而增加患圆锥角膜的可能性。
眼部发育因素
角膜胶原纤维异常： 正常角膜的胶原纤维排列有序且有一定的机械强度，而圆锥角膜患者角膜的胶原纤维存在异常，可能是数量减少、排列紊乱等情况，导致角膜的强度下降，逐渐向外突出形成圆锥形状。这种胶原纤维的异常可能在胚胎发育过程中就已经开始出现一些改变，但在出生后随着生长发育逐渐显现出来。角膜代谢异常： 角膜的正常代谢对于维持其结构和功能至关重要。如果角膜的代谢过程出现异常，比如某些酶的活性改变等，可能会影响角膜的正常生长和维持，进而增加圆锥角膜发生的风险。例如，一些与角膜基质代谢相关的酶出现功能异常，就可能干扰角膜基质的正常构建，使得角膜容易出现形态上的改变。
环境及其他因素
长期揉眼等不良习惯： 长期频繁揉眼可能会对角膜造成一定的机械性刺激，虽然目前还没有确凿证据表明揉眼直接导致圆锥角膜，但这可能是一种诱发或加重角膜异常改变的因素。尤其是对于本身角膜存在一定潜在发育问题的个体，频繁揉眼可能会加速角膜形态的改变，促使圆锥角膜的发生或发展。激素水平变化： 青春期是圆锥角膜相对高发的时期，这可能与青春期体内激素水平的变化有关。激素水平的波动可能会影响角膜的胶原代谢等过程，使得角膜在这个阶段更容易出现结构上的异常，从而增加圆锥角膜的发病几率。不过具体的激素作用机制还在进一步的研究中，但可以推测激素水平变化在圆锥角膜的发生发展中起到一定作用。