灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起的，据统计，约95%的灰指甲是由皮肤癣菌导致的。
皮肤癣菌感染引发
红色毛癣菌感染：红色毛癣菌是引发灰指甲常见的皮肤癣菌之一。它会侵犯指甲的甲板和甲床，使得指甲出现变色、增厚、变形等症状。比如，指甲可能会变成灰白色、黄色等，并且逐渐增厚，表面变得不平整。须癣毛癣菌感染：须癣毛癣菌也常导致灰指甲。它感染指甲后，会让指甲的生长受到影响，出现指甲与甲床分离的情况，同时指甲的质地变得松脆。
自身其他部位真菌感染蔓延
手癣或足癣蔓延：如果本身患有手癣或者足癣，没有及时治疗，真菌就有可能蔓延到指甲引起灰指甲。比如，长期患有足癣的人，真菌会从脚部逐渐感染到脚趾甲，导致灰指甲的发生。而且，足癣的发病率相对较高，很多灰指甲患者都有足癣病史。体癣等其他部位真菌感染：身体其他部位患有体癣等真菌感染性疾病，真菌也可能通过直接接触等方式传播到指甲，进而引发灰指甲。例如，接触了患有体癣患者的皮肤后，没有做好清洁，真菌就可能转移到指甲上。
环境因素影响
潮湿环境：长期处于潮湿的环境中，比如经常浸泡在水中工作的人，像厨师、洗衣工等，指甲长期受到潮湿影响，会增加感染真菌引发灰指甲的风险。因为潮湿的环境有利于真菌的生长繁殖，为真菌感染指甲创造了有利条件。公共浴室等场所：在公共浴室、游泳池等公共区域，由于多人接触，真菌容易传播。如果接触了被真菌污染的地面、毛巾等物品，就容易感染真菌而患上灰指甲。比如，在公共浴室光着脚行走，就有可能接触到致病性真菌，从而增加感染灰指甲的几率。