精囊炎的治疗药物需根据病情来选择，一般常用抗生素进行治疗，比如头孢类抗生素等。通常来说，经过规范的抗生素治疗，大多能取得较好疗效。
常用抗生素类药物
头孢类抗生素： 头孢菌素类药物对引起精囊炎的常见细菌有较好的抗菌作用。例如头孢呋辛，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用，可用于精囊炎的治疗。喹诺酮类药物： 像左氧氟沙星，这类药物能阻碍细菌DNA复制，达到抗菌效果。它对多种引起精囊炎的病原菌都有抑制作用。
抗炎消肿类药物
非甾体抗炎药： 当精囊炎患者有疼痛、肿胀等症状时，可使用非甾体抗炎药来缓解。比如布洛芬，它能通过抑制前列腺素合成，起到抗炎、镇痛、消肿的作用，减轻精囊炎带来的不适症状。糖皮质激素： 在一些严重的精囊炎病例中，可能会短期使用糖皮质激素辅助治疗。不过这类药物使用需谨慎，因为有一定副作用，一般是在其他治疗效果不佳且病情较为严重时，由医生权衡利弊后使用。
针对病因的药物
如果是由结核杆菌引起的精囊炎： 则需要使用抗结核药物，如异烟肼。异烟肼能抑制结核杆菌细胞壁合成所需的成分合成，从而发挥抗结核作用。但抗结核治疗疗程较长，一般需要6 - 9个月甚至更长时间，患者要严格遵医嘱用药。如果是由支原体、衣原体感染引起的精囊炎： 可能需要使用大环内酯类药物，如阿奇霉素。阿奇霉素能与细菌核糖体结合，抑制细菌蛋白质合成，达到抗菌目的。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童患精囊炎时用药需格外谨慎，一般不首选成人常用的抗生素等药物，需由医生根据儿童的具体情况，如年龄、体重等，选择合适的、副作用相对较小的药物，避免影响儿童生长发育。孕妇患者： 孕妇得了精囊炎用药更要小心，很多药物可能会通过胎盘影响胎儿，所以必须在医生的严格评估下，选择对胎儿影响最小的药物进行治疗，不能自行随意用药。