碱性磷酸酶偏高可能由多种原因引起。一般来说，儿童骨骼发育时期、青少年生长期等情况下，碱性磷酸酶会生理性偏高，儿童骨骼发育时血清碱性磷酸酶可较正常升高1-2倍。
骨骼相关原因
骨病因素： 像佝偻病、骨软化症等疾病会导致碱性磷酸酶偏高。例如佝偻病多见于儿童，是由于维生素D缺乏，影响钙磷代谢，使得骨骼钙化不良，进而促使碱性磷酸酶代偿性升高。骨肿瘤因素： 骨恶性肿瘤，如骨肉瘤等，也会引起碱性磷酸酶明显升高，这是因为肿瘤细胞会产生过多的碱性磷酸酶释放到血液中。
肝胆系统原因
胆道梗阻： 当出现胆道结石、胆道肿瘤等导致胆道梗阻时，胆汁排泄受阻，碱性磷酸酶反流入血，从而使血清碱性磷酸酶升高。比如胆总管结石患者，结石堵塞胆管，就可能出现碱性磷酸酶偏高的情况。肝炎相关： 急慢性肝炎时，肝细胞受损，肝细胞膜通透性增加，碱性磷酸酶释放入血，导致其水平升高。例如急性肝炎患者在发病过程中，血清碱性磷酸酶会有不同程度的升高。
其他系统原因
甲状旁腺功能亢进： 甲状旁腺素分泌过多，会影响钙的代谢，进而导致碱性磷酸酶升高。甲状旁腺功能亢进患者体内钙磷代谢紊乱，可使得碱性磷酸酶水平异常。白血病等血液系统疾病： 一些血液系统疾病，如白血病，由于细胞的增殖、分化异常，也可能引起碱性磷酸酶偏高。白血病细胞大量增殖，会释放出较多的碱性磷酸酶到血液中。