皮脂腺囊肿的治疗主要以手术切除为主。一般来说，确诊后尽早手术切除是较为有效的治疗方式，完整切除囊肿可降低复发几率。
手术治疗方式
门诊小手术切除： 对于较小的皮脂腺囊肿，通常在门诊就可进行手术。医生会先对囊肿部位进行消毒、局部麻醉，然后切开皮肤，完整剥离囊肿。手术过程相对简单，术后恢复也较快。局麻下切除： 在局部麻醉状态下进行手术，能最大程度减少患者痛苦。手术时要注意完整切除囊肿壁，因为如果囊肿壁残留，很容易导致复发。
非手术治疗的局限性
药物治疗效果有限： 一般情况下，药物对皮脂腺囊肿的治疗作用不大。使用抗生素等药物可能只能暂时控制囊肿合并感染时的炎症反应，但无法从根本上消除囊肿。比如出现红肿、疼痛等感染症状时，口服抗生素可能会缓解炎症，但囊肿本身不会消失。无法彻底清除囊肿： 靠药物等非手术方法不能像手术那样将囊肿完整去除，所以很难从根源上解决皮脂腺囊肿的问题，囊肿还是有可能再次形成。
术后注意事项
伤口护理： 术后要保持伤口清洁干燥，按照医生要求定期换药。一般在术后1周左右拆线。如果伤口出现红肿、渗液等异常情况，要及时就医处理。避免感染： 在伤口愈合前，尽量不要让伤口沾水。同时，要注意避免挤压手术部位，防止引起感染或影响伤口愈合。
复发情况及应对
复发可能性： 虽然手术切除相对彻底，但仍有一定复发概率。如果囊肿壁没有完全切除干净，就容易复发。再次治疗： 如果皮脂腺囊肿复发，可能需要再次进行手术治疗。再次手术时要更加仔细地操作，尽量完整切除囊肿组织，降低再次复发的风险。