去除扁平疣的方法有多种，常见的比如药物治疗，一般外用药物治疗可能需要数周甚至数月时间起效。
外用药物治疗
维A酸类药物：像维A酸乳膏，它可以调节细胞分化，促使扁平疣疣体脱落，但使用时要注意避免接触正常皮肤，且可能会有局部刺激症状，如发红、脱屑等。水杨酸：水杨酸有角质剥脱作用，能帮助去除疣体，不过使用时要控制浓度和范围，防止对皮肤造成过度损伤。
物理治疗方法
冷冻治疗：利用低温使疣体坏死脱落，一般1 - 2周可能看到效果，冷冻后局部会出现水疱、结痂，要注意保持创面清洁，避免感染，且部分人可能需要多次冷冻才能完全去除。激光治疗：通过激光的能量烧灼疣体，治疗时间短，但是术后要注意防晒，防止留下色素沉着，而且对于较大的疣体可能需要分次治疗。
自体免疫疗法
注射卡介菌多糖核酸：它可以调节机体免疫功能，刺激机体产生抗病毒的物质，从而达到去除扁平疣的目的，一般需要多次注射，疗程可能较长，大概需要数月时间，且注射部位可能会有轻微疼痛等不适。不过这种方法对于免疫功能正常的人效果相对较好，而免疫功能低下者可能效果欠佳。