肝区隐痛可能由多种原因引起。比如，约40%的肝炎患者会出现肝区隐痛的症状。
肝脏疾病相关
肝炎： 病毒性肝炎是常见原因，像乙肝病毒感染后，病毒在肝脏内复制，会引起肝脏炎症反应，导致肝区隐痛。此外，药物性肝炎也可能导致肝区不适，长期服用某些对肝脏有损害的药物，就可能引发肝脏炎症出现隐痛。脂肪肝： 肥胖人群中脂肪肝较为常见，当肝脏内脂肪堆积过多，超过肝脏重量的5% - 10%时，会引起肝脏体积增大，刺激肝包膜，从而导致肝区隐痛，尤其是肥胖且长期高脂饮食的人更容易出现。
胆道系统问题
胆囊炎： 胆囊位于肝脏下方，胆囊炎发作时，炎症刺激会引起右上腹肝区附近隐痛，进食油腻食物后往往会加重，一般疼痛可能会持续数小时。胆结石： 胆结石在胆囊或胆管内移动时，可能会堵塞胆管，引起胆管痉挛，导致肝区放射性隐痛，这种疼痛有时较为剧烈。
邻近组织器官病变
胸膜炎： 胸膜炎会导致胸膜炎症，炎症刺激可能会累及到邻近的肝脏区域，引起肝区牵涉痛，患者通常还会伴有胸痛、咳嗽等症状。肋骨软骨炎： 胸部肋骨的软骨炎也可能表现为肝区附近的隐痛，按压胸部相应部位时疼痛会加重，局部可能会有压痛感。