一般而言，若排除怀孕前就患有腰部疾病这一情况，在怀孕三个月时腰疼得非常厉害，可能与身体缺钙、腰肌劳损以及流产相关，需要完善B超等检查，明确后及时进行治疗。
一、身体缺钙：
1.在怀孕期间，因为胎儿生长发育需要钙元素等营养物质作为养分，而母体若没能及时补充足够的钙，就容易出现腰疼得厉害这种缺钙表现，同时可能还伴有抽筋等症状。
2.针对这种情况，通常可以在医生指导下补充钙剂，从而缓解疼痛、抽筋等不适症状。
二、腰肌劳损：
1.由于胎儿不断生长，孕妇的腰部会受到较大的压迫，并且为了更好地孕育和分娩胎儿，胎盘会分泌松弛素，促使关节韧带松弛，进而出现腰部疼痛的现象。此外，长时间的久坐、久站等，也会容易加大腰部压力，使症状加重。
2.所以，一般可以通过避免久坐、久站，适度进行散步，也可以通过对腰间进行按摩、热敷，以促进血液循环，起到缓解疼痛的作用。
三、流产：
1.胚胎染色体异常、母体受到病毒感染等，有可能导致自然流产，此时也会有腰疼得厉害的表现，同时还伴有阴道流血等症状，可以通过B超等检查来确诊。
2.确诊后，可依据胚胎的情况开展治疗，如果胚胎发育良好，可继续妊娠，同时要注意休息，避免再次出现类似情况。如果胚胎发育不良，则需按照医生的建议，终止妊娠。
总之，怀孕三个月腰疼厉害时要考虑多种因素，明确原因后采取针对性的措施。同时，孕妇要密切关注自身身体状况，如有异常应及时就医。