自然流产的原因有多种。据统计，约50% - 60%的早期自然流产是由于胚胎染色体异常导致的。
染色体因素：
胚胎自身染色体问题： 夫妻双方若有一方染色体存在平衡易位等异常情况，就可能遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常，从而引发自然流产。例如，平衡易位携带者生育的后代发生自然流产的风险较高。父母染色体异常： 父母双方如果本身染色体存在数目或结构的异常，那么形成的胚胎染色体异常的概率也会增加，进而引发自然流产。
母体因素：
内分泌失调： 比如黄体功能不全，在怀孕早期，黄体主要分泌孕激素来维持妊娠，若黄体功能不全，孕激素分泌不足，就无法很好地支持胚胎发育，容易导致自然流产。一般来说，有过自然流产史且怀疑黄体功能不全的女性，可通过检测孕激素水平等进行评估。甲状腺功能异常也会影响妊娠，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。子宫异常： 子宫畸形是常见的导致自然流产的子宫因素，像纵隔子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育环境，使得胚胎难以正常生长，从而引发自然流产。子宫肌瘤也可能对妊娠产生影响，如果肌瘤较大或位于黏膜下，会影响子宫腔的环境，阻碍胚胎着床和发育，增加自然流产的几率。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身存在一些自身抗体，如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，进而造成胚胎缺血缺氧，引发自然流产。系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病患者，由于体内免疫系统异常，也容易出现自然流产的情况。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受存在问题，母体免疫系统不能正确识别胚胎为“自身组织”，从而对胚胎产生免疫排斥反应，导致自然流产。这种情况在一些反复自然流产的女性中较为常见。
环境因素：
化学物质接触： 女性在孕期接触一些有害的化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。例如，长期处于有甲醛污染的环境中工作或生活的女性，其发生自然流产的概率可能会升高。放射性物质接触： 孕期接触过量的放射性物质，如接受过大剂量的X射线照射等，辐射会对胚胎的细胞造成损伤，影响胚胎的发育，导致自然流产。