小腹隐隐作痛并伴有褐色分泌物，主要原因包括以下这些：
一、妊娠相关：倘若女性近期有无保护的性生活，那么极有可能怀孕。然而，若是出现先兆流产或者宫外孕的情况，就可能有小腹隐隐作痛以及褐色分泌物的现象。
1.关于先兆流产，通常是在妊娠早期，孕妇会先出现少量的阴道流血，继而出现阵发性下腹痛或腰痛。
2.对于宫外孕，一般除了腹痛和褐色分泌物外，还可能伴有停经等表现。
二、盆腔炎症：要是女性盆腔内存在大量积液，会刺激小腹部引发疼痛，而且由于炎症刺激会引发出血现象，血液在阴道内停留并发酵后就会形成褐色分泌物。
三、妇科疾病：常见的如子宫肌瘤、子宫内膜息肉、宫颈管息肉等妇科疾病，都会导致小腹疼痛，同时因为炎症刺激从而产生褐色分泌物。
1.子宫肌瘤，根据肌瘤的位置和大小等，可能出现不同程度的腹痛和异常分泌物。
2.子宫内膜息肉，可引起月经间期出血、月经过多等表现。
3.宫颈管息肉，也可能导致少量出血和下腹不适。
总之，褐色分泌物的出现多数是不正常的，发现后应尽快前往医院进行相应检查，确诊后再进行针对性治疗。在此期间，患者要格外注意个人卫生，勤换洗内裤，以防发生感染。