甲硝唑和阿莫西林在药物成分、药品类型、抗菌机制等方面存在区别，患者用药需遵医嘱，不可擅自服用。具体如下：
一、药物成分不同：
1.甲硝唑的主要成分为甲硝唑。
2.阿莫西林的主要成分为阿莫西林。
二、药品类型不同：
1.甲硝唑属于抗厌氧菌药、抗滴虫药。
2.阿莫西林属于β-内酰胺类抗生素、青霉素类。
三、抗菌机制不同：
1.甲硝唑是通过分子所含硝基在无氧环境中发生还原反应来杀灭病原菌，对厌氧菌有抗菌作用，对阿米巴虫也有抗菌功效。
2.阿莫西林主要通过抑制细菌细胞壁合成发挥抗菌作用，是广谱抗菌药物，对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌等需氧病原菌有抗菌作用。
此外，两者在临床应用和注意事项等方面也存在差异。总之，要根据具体情况合理选择和使用这两种药物。