孕期小肚子隐隐作痛的原因包括生理因素和病理因素。生理因素主要是怀孕初期胚胎着床可能出现下腹部隐痛并伴有阴道少量出血，持续1-2天可自行缓解，无需特殊治疗。病理因素如下：
一、
1.先兆流产：外伤、感染等可影响孕妇导致先兆流产，出现腹痛、阴道出血等情况。此时应及时就医进行保胎治疗，可遵医嘱使用黄体酮胶囊、保胎丸等药物。
2.异位妊娠：因生殖系统疾病或损伤致受精卵在子宫体腔以外着床，患者多有停经、腹痛、阴道流血等主要症状。孕妇可在医生指导下用米索前列醇片、米非司酮片等药物终止妊娠，也可通过输卵管切开术、输卵管切除术等手术治疗。
二、
此外，胎停、输卵管肿瘤等也可能引发上述症状，需采取相应治疗。
总之，当孕期出现小肚子隐隐作痛时，要注意区分是生理因素还是病理因素，及时就医明确原因，并根据具体情况进行相应的处理。