巴氏腺囊肿的治疗方法需根据囊肿大小、症状等情况来定。一般较小且无症状的囊肿可先观察，较大或有症状的可能需要手术等治疗。
观察等待情况
如果巴氏腺囊肿较小，没有明显不适症状，比如囊肿直径在3厘米以下，且没有疼痛、红肿等表现，可选择观察等待。但要注意保持外阴清洁，每天用温水清洗外阴，避免穿过紧的裤子，减少对囊肿部位的摩擦刺激，要定期随访，观察囊肿变化情况。
药物治疗情况
局部药物坐浴： 当囊肿伴有感染，出现红肿疼痛等症状时，可使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，一般每天坐浴2 - 3次，每次15 - 20分钟，有助于消炎消肿。但要注意高锰酸钾溶液的浓度，配置不当可能会刺激皮肤。抗生素应用： 如果感染比较明显，可能需要口服或静脉使用抗生素。常用的抗生素有头孢类抗生素等，不过使用抗生素要在医生指导下，根据感染情况合理选用，不能自行随意使用，以免导致耐药等问题。
手术治疗情况
造口术： 对于较大的囊肿，如囊肿直径超过3厘米，反复感染的情况，造口术是常用的手术方法。造口术可以保留巴氏腺的功能，手术相对简单，术后要注意保持外阴清洁，定期换药，一般术后1周左右伤口可逐渐愈合。囊肿剥除术： 对于少数反复复发、囊肿较大且病情复杂的情况，可能会考虑囊肿剥除术。但这种手术创伤相对造口术大一些，术后恢复时间可能稍长，术后也需要注意局部护理，防止感染等并发症发生。