病毒性软疣有一定自愈可能性，不过一般需要6~9个月甚至更长时间。但也有部分患者不会自愈，还可能传染给他人，所以建议及时就医处理。
自愈情况与个体差异
儿童与成人差异：儿童的免疫系统相对成人可能更易让病毒性软疣有自愈机会，但也不是绝对。一般来说，儿童身体代谢快，部分轻度的病毒性软疣有较小概率在数月内自行消退。而成人自愈的概率相对儿童可能更低一些，但也存在个体差异。免疫力影响：自身免疫力较强的人，病毒性软疣自愈的可能性相对高些。比如经常运动、作息规律且营养状况良好的人，免疫系统功能正常，对病毒的清除能力相对较强，病毒性软疣有一定几率自行消退。而免疫力低下的人，像长期患有慢性疾病、正在接受免疫抑制治疗等情况的人，病毒性软疣自愈的可能性就比较小。
不能等待自愈的情况
传染性方面：病毒性软疣具有传染性，可通过直接接触传播，也可通过共用衣物、毛巾等间接传播。如果不及时处理，可能会导致疣体增多，传染给更多人，尤其是家庭密切接触者和同宿舍同学等。比如一个孩子长了病毒性软疣，若不处理，可能会传染给其他一起生活的孩子。皮肤损害加重：随着时间推移，病毒性软疣的疣体可能会逐渐增大、增多，不仅影响皮肤外观，还可能引起局部瘙痒等不适，搔抓后还可能导致皮肤破损继发感染，加重病情，增加治疗难度和痛苦。例如疣体增大后摩擦皮肤，容易破溃，进而引发细菌感染，出现红肿、疼痛甚至化脓等情况。
常见处理方法
刮除术：医生会用特制的刮匙将软疣小体完全刮除，这是比较常用的方法。操作相对简单，在门诊就可进行，术后要注意保持局部清洁，避免感染。冷冻治疗：利用低温液氮使疣体坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，治疗过程可能会有一定疼痛感，但多数人可耐受。激光治疗：通过激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。这种方法对于较小的疣体效果较好，术后恢复相对较快，但要注意避免感染和瘢痕形成。