目前尚未存在能使卵巢巧克力囊肿完全痊愈的治疗方法，因为任何一种治疗方式都存在一定的复发几率。患者可通过药物治疗、手术方法以及联合治疗等手段来缓解病情，以达到预防和减少复发的目的。
一、药物治疗：
1.对于病情较轻者，可通过服用避孕药、醋酸甲羟孕酮、甲地孕酮、孕三烯酮等药物进行“假绝经治疗”。
2.也能利用亮丙瑞林、戈舍瑞林等药物促使卵巢激素水平降低，出现短暂性闭经，从而进行“药物性卵巢切除治疗”。
二、手术方法：
1.手术途径包括经腹和经腹腔镜两种，其中经腹腔镜手术的恢复速度较快，且术后较少发生粘连。
2.对于年轻且有生育要求、药物治疗无效且囊肿大于4厘米的患者，可采用保留生育能力的手术进行治疗。
3.对于没有生育要求的患者，可以实施保留卵巢功能手术。
4.特别严重者或45岁以上女性，可将子宫、双侧附件全部切除，这种手术的复发率较小。
三、联合治疗：
也可以先通过腹腔镜进行确诊，然后将合适的手术与对症药物相结合进行治疗。
总之，具体应采取哪种治疗方法，应听从医生的建议。