包皮上出现小水疱，极有可能是感染了生殖器疱疹，此为一种性传播疾病。以下是关于其治疗的详细阐述：
一、抗病毒治疗：这是主要的治疗方式。口服药物包括泛昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦等。同时可配合局部抗病毒药剂外涂，如使用喷昔洛韦乳膏。
1.泛昔洛韦：是一种抗病毒药物，对生殖器疱疹病毒有较好的抑制作用。
2.伐昔洛韦：能有效抑制病毒的复制和传播。
3.更昔洛韦：在抗病毒方面发挥着重要作用。
4.喷昔洛韦乳膏：直接作用于局部，增强抗病毒效果。
二、止痛治疗：若疼痛明显，可口服布洛芬止痛，严重疼痛则可口服加巴喷丁。
1.布洛芬：能缓解轻至中度疼痛。
2.加巴喷丁：对于较为严重的疼痛有较好的缓解效果。
三、处理合并感染：当水疱破溃并合并细菌感染时，可与抗生素药膏交替使用。
四、增强机体抵抗力：治疗期间要保持充足营养、进行常规锻炼、多饮水且饮食清淡，以提升机体抵抗力。因为清除病毒最终还是要依靠自身。需要注意的是，病毒并无特效治疗方法，有时疱疹治愈后仍会复发，一般症状比初次发作轻，复发疗程也相对较短。而上述这些药物具体的疗程和剂量，均应在医生指导下进行。
总之，对于生殖器疱疹的治疗，要综合采用抗病毒、止痛、处理感染以及增强抵抗力等多种措施，且药物的使用要严格遵循医嘱。