肛门湿疣主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，治疗方法有多种，一般可通过物理治疗、药物治疗等方式。比如物理治疗中的冷冻治疗，通常能在1-2周左右看到初步效果，但具体恢复时间因个体差异有所不同。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使疣体坏死脱落。医生会用液氮等冷冻剂直接接触疣体，一般一次冷冻可能不够，可能需要多次治疗，间隔时间通常在2-3周左右。冷冻后局部可能会出现肿胀、疼痛，一般1-2周可逐渐恢复。激光治疗： 通过激光的高温烧灼疣体，使其碳化脱落。治疗相对较快，单次治疗就能去除可见疣体，但术后要保持创面清洁，防止感染，一般1周左右创面可初步愈合。
药物治疗方式
鬼臼毒素酊： 是常用的治疗肛门湿疣的药物，它能抑制受感染细胞的分裂增殖，促使疣体坏死脱落。但使用时要注意避免接触正常皮肤黏膜，孕妇禁用。一般连续使用3天为一个疗程，若未愈需间隔4天后再用下一个疗程。咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，通过刺激局部免疫反应来清除疣体。每周使用3次，用药6-10小时后洗净，一般需要连续使用数周，具体时间根据病情而定。但部分人使用后可能会出现局部红斑、糜烂等不良反应。
手术治疗情况
疣体切除术： 对于较大的疣体可考虑手术切除。但手术有一定创伤，术后要注意伤口护理，防止感染和出血，一般7-10天伤口可基本愈合。不过手术切除后有复发的可能，复发率因人而异，一般在10%-30%左右。在治疗肛门湿疣过程中，患者要注意保持肛门局部清洁干燥，避免搔抓疣体，防止自身接种传播。同时，性伴侣也要同时检查和治疗，治疗期间避免性生活，以防交叉感染。另外，免疫功能低下的患者治疗后复发的风险相对较高，这类患者可能需要更长时间的观察和更密切的随访。