新生儿肠绞痛多发生在出生后1个月内，大约有10%的新生儿会受其困扰。目前认为主要与以下几方面因素有关。
胃肠道发育不成熟
肠道神经调节不完善： 新生儿的肠道神经系统还在发育中，容易出现肠道蠕动不规则的情况。比如，肠道平滑肌的协调运动还不顺畅，就可能导致肠道痉挛，引发肠绞痛。消化酶分泌不足： 新生儿的消化酶分泌相对较少，尤其是乳糖酶等。如果新生儿对母乳或配方奶中的某些成分消化不完全，在肠道内被细菌分解发酵，产生气体，就会引起肠道不适，导致肠绞痛。比如，母乳喂养的新生儿，母亲吃了某些易产气的食物，如豆类，可能通过母乳影响新生儿。
气体积聚因素
吞咽过多空气： 新生儿在哭闹、吃奶时容易吞咽过多空气。比如，吃奶姿势不正确，宝宝会吸入较多空气；哭闹时也会吞进不少气体。这些气体在肠道内积聚，会使肠道扩张，刺激肠道神经，引发肠绞痛。一般新生儿每次吃奶后都可能吞咽一定量空气，若不能及时排出，就容易导致问题。肠道内气体产生多： 前面提到消化酶不足会使食物在肠道内发酵产气。此外，新生儿肠道内的有益菌还未完全建立，有害菌可能相对较多，也会导致气体产生增多。例如，肠道内细菌分解未消化的食物成分，产生大量氢气、甲烷等气体，让肠道内气体增多，引起肠绞痛。
神经心理因素
大脑发育不成熟： 新生儿的大脑皮层发育尚不完善，对肠道的控制能力较弱。一些轻微的刺激，如肠道的蠕动变化、气体的积聚等，都可能通过神经传导引起较为强烈的反应，表现为肠绞痛。比如，刚出生几周的新生儿，大脑对肠道信号的处理还不够协调，容易出现过度反应。对环境变化敏感： 新生儿对周围环境的变化比较敏感，如温度的改变、噪音的刺激等。当环境突然变化时，可能会影响新生儿的植物神经功能，导致肠道痉挛，引发肠绞痛。例如，天气变凉时，若没有给新生儿做好腹部保暖，就可能诱发肠绞痛。