两岁宝宝发热39℃时，需采取以下措施：
一、要在进行物理降温的同时尽快前往医院就诊，且在医生指导下使用退热药退热。
1.物理降温方面，可用温毛巾蘸取适量温水，在宝宝的大血管流经处如颈部、腹股沟、腋下、肘窝等部位进行擦拭，以帮助散热。
2.退热药可在医生指导下使用布洛芬或对乙酰氨基酚等。
二、若宝宝发热超过39℃，则应立即就医，并同步实施物理降温。
三、宝宝发热39℃时，建议及时就诊，并完善血常规、超敏C反应蛋白、降钙素原等相关检查以明确诊断。必要时还需完善血培养、痰培养、呼吸道病毒监测等相关检查，从而明确病因以便进行针对性治疗。
四、在宝宝治疗期间，家长要让宝宝适当休息，及时补充液体，保证营养充足，如此才有利于宝宝的身体健康。
总之，当两岁宝宝出现发热39℃的情况时，要采取综合措施来应对，包括及时就医、合理降温、完善检查等，同时在治疗期间要照顾好宝宝的日常，以促进宝宝身体的恢复。