怀孕后流褐色分泌物，可能由非疾病因素如受精卵着床少量出血等导致，也可能与疾病因素如胎停育、先兆流产等有关。具体如下：
一、非疾病因素
1.怀孕早期，受精卵着床过程中可能引起少量出血。
2.怀孕早期个别女性可能出现排异现象及早孕反应，表现为阴道有少量出血。
3.孕晚期子宫收缩使子宫黏膜破损，导致分泌物呈褐色。这种情况通常密切观察即可，一般不需特殊治疗。
二、疾病因素
1.胎停育
(1)即胎儿停止发育，多发生在妊娠早期，与胚胎、环境、母体、父亲等因素有关，如胚胎染色体异常等。
(2)若出现褐色分泌物，需考虑是否因胎儿停止发育所致。
2.先兆流产
(1)指怀孕早期，在妊娠28周之前出现阴道出血，是发展为自然流产的一个阶段。
(2)通常与黄体功能不全、习惯性流产等因素有关。
此外，宫外孕也可能引起上述症状。建议注意休息，必要时到医院妇科进行检查，以做到早发现早治疗，避免情况恶化。
总结：怀孕时流褐色分泌物的原因包括非疾病因素和疾病因素，需要仔细辨别，密切观察或及时就医检查和治疗。