指甲里有黑色斑点可能是由外伤、甲母痣、真菌感染等因素所致。具体如下：
一、外伤：当指甲遭受外伤时，可能会导致指甲内出现淤血，从而使指甲里有黑点，同时可能伴有疼痛等不适症状。对于这种情况，可以进行局部热敷以及适当按摩等操作，这样有利于促进局部血液循环，帮助淤血吸收。
二、甲母痣：甲母痣属于黑素细胞痣的一种，这通常为良性病变，一般对身体影响较小。若没有不适表现，往往无需治疗。但如果甲母痣有明显增大的情况，则可通过手术进行治疗，术后要合理进行消毒，以避免局部发生感染。
三、真菌感染：因真菌感染可引起指甲变形、指甲分离、脱落等现象，也可能会使指甲里出现黑色斑点。此时建议取指甲皮屑进行病理检查以确定是否为真菌感染。若确定是真菌感染，则需要在医生指导下服用伊曲康唑、克霉唑等抗真菌药物。
总之，当发现指甲里有黑色斑点时，要结合具体情况进行分析判断，必要时采取相应的治疗措施。