阴茎上长小肉疙瘩的原因可能有以下几点：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。初期为淡红色或红色的小丘疹，逐渐增大增多，形成菜花状、乳头状的赘生物。可伴有瘙痒、疼痛、性交出血等症状。治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、药物治疗（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和免疫疗法（如干扰素等）。
2.阴茎珍珠疹：常见于青春期后，表现为阴茎冠状缘的珍珠状半透明丘疹，环绕龟头排列成一行或数行，可无任何不适。这是一种正常的生理变异，无需治疗。
3.皮脂腺异位症：由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。多见于青壮年，好发于口腔黏膜、阴茎龟头、包皮和阴囊。表现为针头大小、孤立的、高出皮面的黄白色小疙瘩，无自觉症状。一般不需要治疗。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗方法主要是刮除，然后涂以2%碘酊或3%三氯醋酸。
5.鲍温样丘疹病：病因不明，可能与HPV感染有关。表现为多发的色素性扁平丘疹，可逐渐增大，融合成斑块，有瘙痒或烧灼感。治疗方法可选择手术切除、激光、冷冻等。
6.阴茎肿瘤：如阴茎癌，可表现为阴茎上的菜花状肿物，伴有溃疡、出血、恶臭等症状。早期诊断和治疗对于预后非常重要。
如果发现阴茎上长了小肉疙瘩，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，避免不洁性行为，保持阴茎清洁干燥。