卵巢囊肿是广义上卵巢肿瘤的一种，部分患者可能没有明显症状，而有些患者会出现腹部不适、月经紊乱等表现。比如，约1/4的卵巢囊肿患者可能没有自觉症状，多是在妇科检查时偶然发现。
腹部相关症状
腹部隐痛或胀痛： 较小的卵巢囊肿一般不会引起明显疼痛，但当囊肿增大到一定程度时，可能会导致患者感觉腹部有隐痛或胀痛感，这种疼痛通常不剧烈，可能会持续存在，也可能在活动后有所加重。比如囊肿直径达到5厘米左右时，部分人就可能开始感觉到腹部有不太明显的异样感。腹部包块： 患者自己有时能在下腹部摸到包块，尤其是在清晨膀胱充盈时，由于子宫位置相对下移，更容易摸到。一般自己摸到包块时，建议尽快就医检查，因为这很可能是卵巢囊肿的表现。
月经方面的症状
月经周期改变： 卵巢囊肿可能会影响卵巢的正常功能，从而导致月经周期发生变化。有的女性原本月经周期很规律，28 - 30天左右来一次，患了卵巢囊肿后，月经周期可能会延长，变成35天甚至更长时间来一次；也有的会出现月经周期缩短，20天左右就来一次月经。月经量异常： 月经量可能会增多或减少。比如月经量增多时，可能会发现卫生巾使用的频率明显增加，更换的时间间隔变短；而月经量减少时，可能会发现每次月经用的卫生巾数量比以前明显减少，经血颜色也可能会有变化，变得比较淡。
其他相关症状
压迫症状： 当卵巢囊肿较大时，可能会压迫周围组织引起相应症状。如果压迫膀胱，可能会导致尿频、尿急的症状；压迫直肠，可能会出现便秘的情况。例如，囊肿直径超过10厘米时，压迫膀胱的可能性就会明显增加，部分患者就会开始出现总是想排尿，但每次尿量不多的情况。内分泌紊乱表现： 某些具有内分泌功能的卵巢囊肿可能会导致内分泌紊乱，出现一些相应表现。比如卵巢睾丸母细胞瘤可能会产生过多雄激素，导致女性出现多毛、痤疮等类似男性化的表现；而一些分泌雌激素的囊肿可能会引起不规则阴道流血等症状。