毛囊炎可以涂抹的药膏有多种，一般根据病情选择。比如细菌感染引起的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性菌有抗菌活性，能抑制细菌生长。而真菌感染导致的毛囊炎，可选用酮康唑乳膏等抗真菌药膏。
细菌感染性毛囊炎适用药膏
金黄色葡萄球菌感染常见： 莫匹罗星软膏是比较常用的，它属于外用抗生素，能干扰细菌体内蛋白质的合成，从而起到杀菌作用。一般局部涂抹，每天3次左右。不过要注意，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。链球菌感染相关： 夫西地酸乳膏也可用于细菌感染引起的毛囊炎，它能抑制细菌的蛋白质合成，进而发挥抗菌功效。通常一天涂抹2 - 3次，连续使用一般不超过2周。
真菌感染性毛囊炎适用药膏
马拉色菌感染引发： 酮康唑乳膏就有抗真菌作用，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。使用时取适量均匀涂抹在患处，一日1 - 2次。但孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用，而且对酮康唑、咪唑类药物过敏者禁用。白色念珠菌感染情况： 克霉唑乳膏也可用于这类毛囊炎，它能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜主要固醇类 - 麦角固醇的生物合成，起抗真菌作用。一般一天涂抹2 - 3次，涂药部位如有灼烧感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。
其他情况的药膏选择
症状较轻的毛囊炎： 还可以考虑外用碘酊，它能使细菌蛋白质变性，从而杀菌。不过碘酊刺激性较强，使用时不要涂到正常皮肤上，以免引起灼伤。小儿毛囊炎需谨慎： 小儿长毛囊炎时，用药更要小心，尽量选择刺激性小的药膏。比如症状轻的可以先用碘伏消毒后观察，若炎症不缓解再在医生指导下选用合适药膏，避免自行随意用药导致不良反应。