再生障碍性贫血是一种骨髓造血功能衰竭症，其发病原因较为复杂。目前认为，约半数以上的再生障碍性贫血患者发病原因不明确，而能明确的相关因素主要有以下几类：
一、遗传因素相关
先天性再生障碍性贫血： 如范可尼贫血，这是一种常染色体隐性遗传性疾病，患者多在儿童期发病，除了再生障碍性贫血的表现外，还常伴有多种先天性畸形，如皮肤色素沉着、骨骼畸形等。一般在儿童时期就会逐渐显现出相关症状，通过基因检测可以发现特定的基因突变。其他遗传性因素： 一些罕见的遗传性疾病也可能与再生障碍性贫血的发生有关，虽然相对少见，但从遗传角度来说是发病原因之一。
二、药物及化学物质相关
药物因素： 有多种药物可能引起再生障碍性贫血。例如氯霉素，它是一种广谱抗生素，在过去临床应用中发现，长期或过量使用氯霉素可能抑制骨髓造血干细胞的功能，导致再生障碍性贫血。据统计，因氯霉素引起再生障碍性贫血的发生率约为万分之一左右。还有抗肿瘤药物，如烷化剂类的白消安、环磷酰胺等，这些药物在治疗肿瘤的过程中，可能会对骨髓造血干细胞造成损伤，引发再生障碍性贫血。化学物质因素： 长期接触苯及其衍生物等化学物质也易引发再生障碍性贫血。比如在一些化工厂工作的工人，长期暴露在含苯的环境中，苯进入人体后会抑制骨髓造血，使造血干细胞数量减少、功能异常，进而导致再生障碍性贫血的发生。一般接触苯等化学物质的时间越长、浓度越高，患病风险也就越高。
三、病毒感染相关
肝炎病毒： 部分再生障碍性贫血患者是在肝炎后发生的。其中，丙型肝炎病毒相关的再生障碍性贫血较为常见。肝炎病毒可能会损伤骨髓造血干细胞，影响骨髓的正常造血功能。研究发现，在丙型肝炎患者中，约有一定比例会逐渐发展为再生障碍性贫血，具体比例因不同的研究数据略有差异，但一般在百分之几的范围。其他病毒： 如EB病毒、微小病毒B19等也可能与再生障碍性贫血的发病有关。EB病毒感染人体后，可能会对造血干细胞产生免疫损伤，干扰骨髓的造血过程；微小病毒B19感染红细胞前体细胞，可导致红细胞生成障碍，进而引发再生障碍性贫血。