巴氏腺囊肿主要是由于巴氏腺管开口阻塞，分泌物积聚而形成。巴氏腺管阻塞的常见原因有以下几方面：
炎症因素
前庭大腺炎发作后： 当女性感染了前庭大腺炎，炎症会导致腺管黏膜充血、水肿，进而引起管腔阻塞。比如在女性经期不注意卫生，或者有不洁性生活等情况，就容易引发前庭大腺的炎症，从而增加巴氏腺囊肿的发生风险。一般这种炎症引起的阻塞多发生在单侧。会阴部位损伤： 会阴部位的裂伤、侧切等损伤，可能会波及巴氏腺管，导致巴氏腺管受损阻塞。例如在分娩过程中，会阴侧切或者会阴撕裂伤，如果损伤到了巴氏腺管，就可能使巴氏腺管的正常结构被破坏，分泌物排出不畅，逐渐形成囊肿。
腺管本身因素
腺管狭窄或黏液浓稠： 巴氏腺分泌的黏液如果本身比较浓稠，或者腺管存在先天性的狭窄情况，都会影响分泌物的排出。随着时间推移，分泌物不断积聚，就会使腺管扩张形成囊肿。这种情况可能没有明显的炎症诱因，而是自身腺管的结构或功能问题导致。年龄因素： 绝经后的女性，由于体内激素水平的变化，巴氏腺可能会萎缩，腺管也会相应发生变化，相对更容易出现腺管阻塞的情况，从而增加巴氏腺囊肿的发生几率。
其他因素
不良卫生习惯： 长期不注意外阴局部的清洁卫生，污垢等容易堆积在外阴部位，可能会影响巴氏腺管的正常通畅。比如长时间不更换内裤，或者不清洗外阴等，都可能为细菌等病原体的滋生创造条件，进而影响巴氏腺管的功能。先天性腺管异常： 部分女性可能存在先天性的巴氏腺管结构异常，这也会导致腺管开口阻塞，使得分泌物无法正常排出，逐渐形成囊肿。这种情况相对比较少见，但确实是导致巴氏腺囊肿的一个原因。