高密度脂蛋白胆固醇偏低可能由多种原因造成。一般来说，遗传因素可能是一个原因，比如家族性低脂蛋白血症患者就可能出现高密度脂蛋白胆固醇偏低的情况。
生活方式因素
饮食方面：长期摄入高糖、高脂食物，比如每天大量吃油炸食品、甜食等，会影响脂质代谢，容易导致高密度脂蛋白胆固醇偏低。有研究发现，长期高糖高脂饮食的人群，高密度脂蛋白胆固醇水平比饮食均衡人群低约10% - 15%。运动不足：缺乏运动的人，身体代谢率降低，脂质代谢减慢，也容易使高密度脂蛋白胆固醇水平偏低。长期久坐不运动，每周运动时间不足150分钟的人，高密度脂蛋白胆固醇往往低于运动达标人群。
疾病因素
肝脏疾病：像肝硬化患者，肝脏功能受损，影响脂蛋白的合成与代谢，容易出现高密度脂蛋白胆固醇偏低。据临床统计，约60%的肝硬化患者存在高密度脂蛋白胆固醇偏低的情况。内分泌疾病：甲状腺功能减退症患者，甲状腺激素分泌不足，会影响脂质的代谢过程，导致高密度脂蛋白胆固醇水平降低。这类患者中约70% - 80%存在高密度脂蛋白胆固醇偏低现象。
其他因素
吸烟：吸烟会损伤血管内皮细胞，影响脂蛋白的代谢，进而使高密度脂蛋白胆固醇降低。吸烟者的高密度脂蛋白胆固醇水平通常比不吸烟者低约20%左右。酗酒：长期大量饮酒会加重肝脏负担，影响脂质代谢，导致高密度脂蛋白胆固醇偏低。长期酗酒者的高密度脂蛋白胆固醇水平可能比正常饮酒者低30%以上。