重组人粒细胞刺激因子可能会带来一些副作用。一般来说，使用该药物后可能出现骨痛等情况，大约有1% - 3%的患者可能会出现较为明显的骨痛症状。
血液系统相关副作用
白细胞增多相关：部分患者使用重组人粒细胞刺激因子后可能出现白细胞过度增多的情况，不过这种情况相对较少见。但需要密切监测血常规，如果白细胞计数异常升高，可能需要调整用药方案。血小板变化：少数患者可能出现血小板暂时下降的情况，但通常程度较轻，一般不需要特殊处理，不过也需要定期监测血小板数值。
肌肉骨骼系统副作用
骨痛表现：很多患者在使用重组人粒细胞刺激因子后会出现骨痛，尤其是长骨部位，像腿部、手臂等部位的骨头可能会有酸痛感。这种骨痛一般在用药后的24 - 48小时内较为明显，不过多数患者可以耐受，随着用药时间延长，骨痛症状可能会逐渐减轻。关节痛情况：部分患者还可能出现关节痛，活动时关节疼痛可能会加重，这也会对患者的日常活动产生一定影响。
其他系统副作用
胃肠道反应：个别患者可能出现恶心、呕吐等胃肠道不适症状，但通常症状较轻，一般不影响继续用药，不过如果症状严重，需要告知医生进行处理。皮肤反应：有的患者会出现皮肤潮红、皮疹等皮肤方面的反应，皮疹可能表现为散在的小红点等，一般停药后皮肤反应会逐渐消退。过敏反应：虽然较为罕见，但也有患者可能出现过敏反应，如呼吸困难、面部肿胀等严重过敏表现，一旦出现过敏反应需立即就医进行抢救。