三个月时能查出孩子性别，但医生不会告知。因为国家有规定，严禁提前到医院查询胎儿性别，这种行为是违法的。从计划生育角度看，国家禁止通过提前对胎儿进行性别鉴定后选择终止妊娠。以下是关于判断胎儿性别的方法：
一、怀孕三个月，即停经12周左右，此时胎儿身长约9厘米，顶臀长6至7厘米，外生殖器官已可初步辨别性别，胎儿四肢也能够活动。理论上可以看出胎儿性别，毕竟胎儿已成型且在母体内有活动伸展。
1.外生殖器初步发育：在这个阶段，胎儿的外生殖器官开始有了一定的形态特征。
2.胎儿活动：四肢开始有动作，这是胎儿发育的一个重要表现。
二、辨别性别最简单的方式是B超检查。B超可以看出胎儿性别，但也可能有意外情况出现。
1.B超原理：通过超声成像来观察胎儿的情况。
2.可能的误差：比如胎儿体位不佳等因素可能影响判断的准确性。
三、通过验血、绒毛膜组织、羊水穿刺也能检测出胎儿性别，但都有一定创伤，一般不建议采用。
1.验血检测：有特定的检测项目和指标。
2.绒毛膜组织和羊水穿刺：这两种方法创伤相对较大。
一般而言，只有当孩子可能存在与性别有关的畸形等特殊情况下需要鉴定性别时，才会进行性别鉴定。
总之，虽然有多种方法可以在一定程度上判断胎儿性别，但这些方法通常有严格的使用限制和规定，不能随意进行。