伊曲康唑胶囊主要用于治疗真菌感染相关疾病。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。
治疗深部真菌感染
系统性曲霉病：伊曲康唑胶囊可用于治疗由曲霉引起的系统性感染，这类真菌感染可能影响肺部等多个器官，伊曲康唑通过抑制真菌特定成分合成来发挥作用。念珠菌病：包括全身性念珠菌感染，如念珠菌血症、播散性念珠菌病等，伊曲康唑能对念珠菌产生抑制效果，阻止其进一步繁殖扩散。
治疗浅部真菌感染
皮肤癣菌病：像体癣、股癣、手癣、足癣等由皮肤癣菌引起的感染，伊曲康唑胶囊可以发挥作用，抑制皮肤癣菌的生长繁殖，帮助改善皮肤感染症状。花斑癣：由马拉色菌引起的花斑癣，伊曲康唑胶囊也有一定疗效，能针对致病的马拉色菌进行抑制，促进皮肤恢复健康。
治疗其他真菌感染相关疾病
芽生菌病：伊曲康唑胶囊可用于治疗芽生菌引起的感染，对芽生菌的生长代谢进行干扰，控制病情发展。组织胞浆菌病：对于组织胞浆菌感染相关疾病，伊曲康唑胶囊能够发挥抗真菌作用，帮助患者对抗组织胞浆菌的侵袭。